في الوقت الحاضر، يستخدم الأوزون بشكل شائع في المياه النقية ومياه الينابيع والمياه المعدنية ومعالجة المياه الجوفية.ويتم تطبيق CT=1.6 غالبًا لمعالجة مياه الصنبور (C يعني تركيز الأوزون المذاب 0.4 ملجم/لتر، T يعني وقت الاحتفاظ بالأوزون 4 دقائق).

مياه الشرب المعالجة بالأوزون تقتل أو تعطل الكائنات الحية الدقيقة المسببة للأمراض بما في ذلك الفيروسات والبكتيريا والطفيليات وتزيل الملوثات غير العضوية الموجودة في أنظمة المياه بسبب التلوث.كما أن معالجة الأوزون تقلل من المركبات العضوية التي تحدث بشكل طبيعي مثل حمض الهيوميك ومستقلبات الطحالب.تحتوي المياه السطحية، بما في ذلك البحيرات والأنهار، بشكل عام على مستويات أعلى من الكائنات الحية الدقيقة.ولذلك، فهي أكثر عرضة للتلوث من المياه الجوفية وتتطلب أنظمة معالجة مختلفة.