Akvakulturanın inkişafı ilə patogen mikroorqanizmlərin yaratdığı xəstəlik ara-sıra baş verir ki, bu da akvakultura sənayesinə zərər verir.Obyektlərin idarə olunmasının gücləndirilməsi istisna olmaqla, qidalanma sularında və alətlərdə patogen mikroorqanizmlərin aradan qaldırılması mühüm mövzu olmuşdur.Ozon güclü oksidləşdirici, dezinfeksiyaedici və katalizator olduğundan təkcə sənayedə deyil, həm də suyun dezinfeksiyasında, suyun keyfiyyətinin yaxşılaşdırılmasında və akvakulturada və qırmızı gelgitdə pat hogen mikroorqanizmlərin qarşısının alınmasında geniş istifadə edilmişdir.Akvakultura su və obyektlərini dezinfeksiya etmək üçün ozon sistemindən istifadə etməklə patogen mikroorqanizmin qarşısını almaq olar.

Ozon dezinfeksiyada, suyun təmizlənməsində yüksək effektivliyə malik olduğundan və arzuolunmaz əlavə məhsul yaratmadığından akvakultura üçün ideal dezinfeksiyaedicidir.Balıqçılıqda ozon sistemindən istifadəyə qoyulan sərmayə o qədər də yüksək deyil və müxtəlif dezinfeksiyaedici maddələrə, antibiotiklərə qənaət edir, mübadilə olunan suyu azaldır, nəsillərin sağ qalma səviyyəsini ən azı iki dəfə artırır, yaşıl və üzvi qida istehsal edir.Ona görə də kifayət qədər iqtisadidir.Hazırda Yaponiya, Amerika və Avropa ölkələrində akvakulturada ozonun istifadəsi kifayət qədər geniş yayılmışdır.