জলজ চাষের বিকাশের সাথে সাথে প্যাথোজেনিক অণুজীব দ্বারা সৃষ্ট রোগটি মাঝে মাঝে ঘটে যা জলজ শিল্পের ক্ষতি করে।সুবিধার ব্যবস্থাপনা বাড়ানো ছাড়া, খাওয়ানোর জল এবং যন্ত্রগুলিতে প্যাথোজেনিক অণুজীব নির্মূল করা একটি গুরুত্বপূর্ণ বিষয়।ওজোন, যেহেতু এটি শক্তিশালী অক্সিডেন্ট, জীবাণুনাশক এবং অনুঘটক ব্যাপকভাবে শুধুমাত্র শিল্পে নয়, জল জীবাণুমুক্তকরণ, জলের গুণমান উন্নতি এবং জলজ ও লাল জোয়ারে প্যাট হোজেনিক অণুজীব প্রতিরোধেও ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়েছে।ওজোন সিস্টেম ব্যবহার করে অ্যাকুয়াকালচারের পানি ও সুবিধাগুলোকে জীবাণুমুক্ত করার মাধ্যমে প্যাথোজেনিক অণুজীব প্রতিরোধ করা যেতে পারে।

যেহেতু ওজোনের জীবাণুমুক্তকরণ, জল পরিশোধন করার উচ্চ দক্ষতা রয়েছে এবং এটি অবাঞ্ছিত উপজাত সৃষ্টি করে না, তাই এটি জলজ চাষের জন্য আদর্শ জীবাণুনাশক।জলজ প্রজননে ওজোন পদ্ধতি ব্যবহার করার বিনিয়োগ বেশি নয়, এবং এটি বিভিন্ন জীবাণুনাশক, অ্যান্টিবায়োটিক সংরক্ষণ করে, জলের বিনিময় হ্রাস করে, প্রজনন বেঁচে থাকার হার কমপক্ষে দুই গুণ বৃদ্ধি করে, সবুজ ও জৈব খাদ্য তৈরি করে।অতএব, এটি বেশ অর্থনৈতিক।বর্তমানে, জাপান, আমেরিকা এবং ইউরোপীয় দেশগুলিতে জলজ চাষে ওজোন ব্যবহার করা বেশ প্রচলিত।