Razvojem akvakulture povremeno se javljaju bolesti uzrokovane patogenim mikroorganizmom, koje nanose štetu industriji akvakulture.Osim poboljšanja upravljanja objektima, važan je predmet eliminacije patogenih mikroorganizama u vodi i instrumentima za ishranu.Ozon, kao snažan oksidans, dezinficijens i katalizator, naširoko se koristi ne samo u industriji, već iu dezinfekciji vode, poboljšanju kvaliteta vode i sprječavanju patogenih mikroorganizama u akvakulturi i crvenoj plimi.Patogeni mikroorganizam se može spriječiti korištenjem ozonskog sistema za dezinfekciju vode i objekata akvakulture.

Kako ozon ima visoku efikasnost u dezinfekciji, prečišćavanju vode i ne uzrokuje neželjene nusproizvode, idealan je dezinficijens za akvakulturu.Ulaganje u upotrebu ozonskog sistema u uzgoju akvakulture nije veliko, a štedi razna dezinficijensa, antibiotike, smanjuje razmjenu vode, povećava stopu preživljavanja uzgoja na najmanje dva puta, proizvodi zelenu i organsku hranu.Dakle, prilično je ekonomičan.Trenutno je upotreba ozona u akvakulturi prilično uobičajena u Japanu, Americi i evropskim zemljama.