S rozvojem akvakultury dochází příležitostně k onemocněním způsobeným patogenními mikroorganismy, které poškozují průmysl akvakultury.Kromě zlepšení managementu zařízení bylo důležitým předmětem eliminace patogenních mikroorganismů v napájecí vodě a přístrojích.Ozon, protože je silným oxidantem, dezinfekčním prostředkem a katalyzátorem, je široce používán nejen v průmyslu, ale také při dezinfekci vody, zlepšování kvality vody a prevenci patogenních mikroorganismů v akvakultuře a přílivu.Patogennímu mikroorganismu lze zabránit použitím ozonového systému k dezinfekci vody a zařízení akvakultury.

Protože má ozon vysokou účinnost při dezinfekci, čištění vody a nezpůsobuje nežádoucí vedlejší produkty, je ideálním dezinfekčním prostředkem pro akvakulturu.Investice do používání ozonového systému v chovu akvakultury není vysoká a šetří různé dezinfekční prostředky, antibiotika, snižuje vyměňovanou vodu, zvyšuje míru přežití chovu minimálně na dvojnásobek, produkuje zelené a bio potraviny.Je to tedy docela ekonomické.V současnosti je používání ozonu v akvakultuře zcela běžné v Japonsku, Americe a evropských zemích.