V současnosti se ozon běžně používá v čištěné vodě, pramenité vodě, minerální vodě a úpravě podzemních vod.A CT=1,6 se často používá pro úpravu vodovodní vody (C znamená koncentraci rozpuštěného ozonu 0,4 mg/l, T znamená dobu zdržení ozonu 4 minuty).

Pitná voda upravená ozonem zabíjí nebo inaktivuje patogenní mikroorganismy včetně virů, bakterií a parazitů a odstraňuje anorganické stopové kontaminanty vyskytující se ve vodních systémech v důsledku znečištění.Úprava ozonem také snižuje přirozeně se vyskytující organické sloučeniny, jako jsou huminové kyseliny a metabolity řas.Povrchové vody, včetně jezer a řek, obecně obsahují vyšší množství mikroorganismů.Proto jsou náchylnější ke kontaminaci než podzemní vody a vyžadují různé režimy čištění.