På nuværende tidspunkt er ozon almindeligvis brugt i renset vand, kildevand, mineralvand og underjordisk vandbehandling.Og CT=1,6 anvendes ofte til behandling af postevand (C betyder opløst ozonkoncentration 0,4mg/L, T betyder ozonretentionstid 4 minutter).

Drikkevand behandlet med ozon dræber eller inaktiverer patogene mikroorganismer inklusive vira, bakterier og parasitter og fjerner uorganiske sporforurenende stoffer fundet i vandsystemer på grund af forurening.Ozonbehandling reducerer også naturligt forekommende organiske forbindelser som humussyre og algemetabolitter.Overfladevand, herunder søer og floder, indeholder generelt højere niveauer af mikroorganismer.Derfor er de mere tilbøjelige til forurening end grundvand og kræver forskellige behandlingsregimer.