Επί του παρόντος, το όζον χρησιμοποιείται συνήθως στην επεξεργασία καθαρού νερού, νερού πηγής, μεταλλικού νερού και υπόγειων υδάτων.Και το CT=1,6 εφαρμόζεται συχνά στην επεξεργασία του νερού της βρύσης (C σημαίνει συγκέντρωση διαλυμένου όζοντος 0,4 mg/L, T σημαίνει χρόνος κατακράτησης όζοντος 4 λεπτά).

Το πόσιμο νερό επεξεργασμένο με όζον σκοτώνει ή αδρανοποιεί παθογόνους μικροοργανισμούς, συμπεριλαμβανομένων ιών, βακτηρίων και παρασίτων και αφαιρεί ανόργανους ίχνη ρύπων που βρίσκονται στα συστήματα νερού λόγω της ρύπανσης.Η θεραπεία με όζον μειώνει επίσης τις φυσικές οργανικές ενώσεις όπως το χουμικό οξύ και τους μεταβολίτες των φυκών.Τα επιφανειακά ύδατα, συμπεριλαμβανομένων των λιμνών και των ποταμών, περιέχουν γενικά υψηλότερα επίπεδα μικροοργανισμών.Ως εκ τούτου, είναι πιο επιρρεπή στη μόλυνση από τα υπόγεια ύδατα και απαιτούν διαφορετικά καθεστώτα επεξεργασίας.