Vesiviljeluse arenedes esineb aeg-ajalt patogeense mikroorganismi põhjustatud haigusi, mis kahjustavad vesiviljelustööstust.Välja arvatud rajatiste majandamise tõhustamine, on see olnud oluline teema patogeensete mikroorganismide kõrvaldamine toiteveest ja instrumentidest.Osooni, kuna see on tugev oksüdeerija, desinfitseerija ja katalüsaator, on laialdaselt kasutatud mitte ainult tööstuses, vaid ka vee desinfitseerimiseks, vee kvaliteedi parandamiseks ning patogeensete mikroorganismide ennetamiseks vesiviljeluses ja mõõna mõjul.Patogeenset mikroorganismi saab ära hoida, kasutades vesiviljelusvee ja -rajatiste desinfitseerimiseks osoonisüsteemi.

Kuna osoonil on kõrge desinfitseerimise ja vee puhastamise efektiivsus ning see ei tekita soovimatuid kõrvalsaadusi, on see ideaalne desinfektsioonivahend vesiviljeluses.Osoonisüsteemi kasutamise investeering vesiviljeluse aretusse ei ole suur ning see säästab erinevaid desinfitseerimisvahendeid, antibiootikume, vähendab veevahetust, tõstab sigimise ellujäämise määra vähemalt kahekordseks, toodab rohelist ja mahetoitu.Seetõttu on see üsna ökonoomne.Praegu on osooni kasutamine vesiviljeluses üsna levinud Jaapanis, Ameerikas ja Euroopa riikides.