Akuikulturaren garapenarekin, mikroorganismo patogenoak eragindako gaixotasuna gertatzen da noizean behin, eta horrek akuikultura industriari kalte egiten dio.Instalazioen kudeaketa hobetzea izan ezik, gai garrantzitsua izan da elikadura-uretan eta tresnetan mikroorganismo patogenoa ezabatzea.Ozonoa, oxidatzaile, desinfektatzaile eta katalizatzaile indartsua denez, industrian ez ezik, uraren desinfekzioan, uraren kalitatearen hobekuntzan eta akuikulturan eta marea gorrian mikroorganismo pat hogenikoa prebenitzen ere erabili izan da.Mikroorganismo patogenoa saihestu daiteke akuikulturako ura eta instalazioak desinfektatzeko ozono-sistema erabiliz.

Ozonoak desinfekzioan, ura arazteko eraginkortasun handia duenez eta nahi ez den azpiprodukturik eragiten ez duenez, akuikulturarako desinfektatzaile aproposa da.Akuikulturako hazkuntzan ozono-sistema erabiltzearen inbertsioa ez da handia, eta hainbat desinfektatzaile, antibiotiko aurrezten ditu, trukatutako ura murrizten du, ugalketaren biziraupen-tasa gutxienez bi aldiz handitzen du, elikagai berdea eta organikoa ekoizten du.Horregatik, nahiko ekonomikoa da.Gaur egun, ozonoa akuikulturan erabiltzea nahiko ohikoa da Japonian, Amerikan eta Europako herrialdeetan.