Vesiviljelyn kehittyessä patogeenisen mikro-organismin aiheuttamia tauteja esiintyy satunnaisesti, mikä vahingoittaa vesiviljelyalaa.Tilojen hoidon tehostamista lukuun ottamatta tärkeä aihe on ollut patogeenisten mikro-organismien eliminointi syöttövedestä ja välineistä.Otsonia, koska se on vahva hapetin, desinfiointiaine ja katalyytti, on käytetty laajalti paitsi teollisuudessa, myös veden desinfioinnissa, veden laadun parantamisessa ja patogeenisten mikro-organismien ehkäisyssä vesiviljelyssä ja punavesiviljelyssä.Patogeeninen mikro-organismi voidaan estää käyttämällä otsonijärjestelmää vesiviljelyvesien ja -tilojen desinfiointiin.

Koska otsonilla on korkea desinfiointi- ja vedenpuhdistusteho, eikä se aiheuta ei-toivottuja sivutuotteita, se on ihanteellinen desinfiointiaine vesiviljelyyn.Investointi otsonijärjestelmän käyttöön vesiviljelyn jalostukseen ei ole suuri, ja se säästää erilaisia ​​desinfiointiaineita, antibiootteja, vähentää vaihtuvaa vettä, nostaa lisääntymisen selviytymisasteen vähintään kaksinkertaiseksi, tuottaa vihreää ja luomuruokaa.Siksi se on varsin taloudellista.Tällä hetkellä otsonin käyttö vesiviljelyssä on varsin yleistä Japanissa, Amerikassa ja Euroopan maissa.