Tällä hetkellä otsonia käytetään yleisesti puhdistetun veden, lähdeveden, kivennäisveden ja maanalaisen veden käsittelyssä.Ja CT=1,6 käytetään usein vesijohtoveden käsittelyyn (C tarkoittaa liuenneen otsonin pitoisuutta 0,4 mg/L, T tarkoittaa otsonin retentioaikaa 4 minuuttia).

Otsonilla käsitelty juomavesi tappaa tai inaktivoi patogeeniset mikro-organismit, mukaan lukien virukset, bakteerit ja loiset, ja poistaa epäorgaaniset jäämät vesistöistä saastumisen vuoksi.Otsonikäsittely vähentää myös luonnossa esiintyviä orgaanisia yhdisteitä, kuten humushappoa ja leväaineenvaihduntatuotteita.Pintavedet, mukaan lukien järvet ja joet, sisältävät yleensä enemmän mikro-organismeja.Siksi ne ovat alttiimpia saastumiselle kuin pohjavesi ja vaativat erilaisia ​​käsittelymenetelmiä.