जलीय कृषि के विकास के साथ, रोगजनक सूक्ष्मजीवों के कारण होने वाली बीमारियाँ कभी-कभी होती हैं, जो जलीय कृषि उद्योग को नुकसान पहुँचाती हैं।सुविधाओं के प्रबंधन को बढ़ाने के अलावा, पानी और उपकरणों में रोगजनक सूक्ष्मजीवों को खत्म करना एक महत्वपूर्ण विषय रहा है।ओजोन, क्योंकि यह एक मजबूत ऑक्सीडेंट, कीटाणुनाशक और उत्प्रेरक है, इसका व्यापक रूप से न केवल उद्योग में उपयोग किया जाता है, बल्कि पानी कीटाणुशोधन, पानी की गुणवत्ता में सुधार और जलीय कृषि और लाल ज्वार में रोगजनक सूक्ष्मजीवों को रोकने में भी किया जाता है।जलीय कृषि जल और सुविधाओं को कीटाणुरहित करने के लिए ओजोन प्रणाली का उपयोग करके रोगजनक सूक्ष्मजीव को रोका जा सकता है।

चूंकि ओजोन में कीटाणुशोधन, जल शोधन में उच्च दक्षता है और अवांछित उप-उत्पाद का कारण नहीं बनता है, यह जलीय कृषि के लिए आदर्श कीटाणुनाशक है।जलीय कृषि प्रजनन में ओजोन प्रणाली का उपयोग करने का निवेश अधिक नहीं है, और यह विभिन्न कीटाणुनाशकों, एंटीबायोटिक दवाओं को बचाता है, पानी के आदान-प्रदान को कम करता है, प्रजनन की जीवित रहने की दर को कम से कम दो गुना तक बढ़ाता है, हरे और जैविक भोजन का उत्पादन करता है।इसलिए, यह काफी किफायती है।वर्तमान में, जापान, अमेरिका और यूरोपीय देशों में जलीय कृषि में ओजोन का उपयोग काफी आम है।