Razvojem akvakulture povremeno se javljaju bolesti uzrokovane patogenim mikroorganizmima, koje štete akvakulturnoj industriji.Osim poboljšanja upravljanja objektima, važno je bilo eliminirati patogene mikroorganizme u vodi za hranjenje i instrumentima.Ozon, budući da je jak oksidans, dezinficijens i katalizator, naširoko se koristi ne samo u industriji, već i za dezinfekciju vode, poboljšanje kvalitete vode i sprječavanje pat hogenih mikroorganizama u akvakulturi i crvenoj plimi.Patogeni mikroorganizam može se spriječiti korištenjem ozonskog sustava za dezinfekciju vode i objekata akvakulture.

Kako ozon ima visoku učinkovitost u dezinfekciji, pročišćavanju vode i ne uzrokuje neželjene nusproizvode, idealno je dezinfekcijsko sredstvo za akvakulturu.Ulaganje u korištenje ozonskog sustava u uzgoju akvakulture nije veliko, a štedi razne dezinficijense, antibiotike, smanjuje izmijenjenu vodu, povećava stopu preživljavanja uzgoja za najmanje dva puta, proizvodi zelenu i organsku hranu.Stoga je prilično ekonomičan.Trenutačno je korištenje ozona u akvakulturi prilično uobičajeno u Japanu, Americi i europskim zemljama.