Trenutno se ozon obično koristi u preradi pročišćene vode, izvorske vode, mineralne vode i podzemne vode.A CT=1,6 često se primjenjuje na obradu vode iz slavine (C znači koncentracija otopljenog ozona 0,4 mg/L, T znači vrijeme zadržavanja ozona 4 minute).

Pitka voda tretirana ozonom ubija ili deaktivira patogene mikroorganizme uključujući viruse, bakterije i parazite i uklanja anorganske tragove zagađivača koji se nalaze u vodnim sustavima zbog onečišćenja.Tretman ozonom također smanjuje prirodne organske spojeve kao što su huminska kiselina i metaboliti algi.Površinske vode, uključujući jezera i rijeke, općenito sadrže veće razine mikroorganizama.Stoga su sklonije onečišćenju nego podzemne vode i zahtijevaju drugačije režime obrade.