Az akvakultúra fejlődésével esetenként előfordul a kórokozó mikroorganizmus okozta megbetegedések, amelyek árt az akvakultúra-iparnak.A létesítmények kezelésének javításán kívül fontos téma volt a kórokozó mikroorganizmusok eltávolítása a tápvízből és a műszerekből.Az ózont, mivel erős oxidálószer, fertőtlenítő és katalizátor, széles körben alkalmazzák nemcsak az iparban, hanem a víz fertőtlenítésében, a vízminőség javításában, valamint a kórokozó mikroorganizmusok megelőzésében az akvakultúrában és az árapályban.A kórokozó mikroorganizmus megelőzhető, ha ózonrendszert használunk az akvakultúra vizeinek és létesítményeinek fertőtlenítésére.

Mivel az ózon nagy hatékonyságú fertőtlenítésben, víztisztításban és nem okoz nemkívánatos melléktermékeket, ideális fertőtlenítőszer az akvakultúra számára.Az ózonrendszer használatának befektetése az akvakultúrás tenyésztésben nem nagy, és különféle fertőtlenítőszereket, antibiotikumokat takarít meg, csökkenti a kicserélt vizet, legalább kétszeresére növeli a tenyésztési túlélési arányt, zöld és bio élelmiszereket állít elő.Ezért ez meglehetősen gazdaságos.Jelenleg az ózon használata az akvakultúrában meglehetősen elterjedt Japánban, Amerikában és az európai országokban.