Ջրային կուլտուրաների զարգացման հետ մեկտեղ երբեմն տեղի են ունենում պաթոգեն միկրոօրգանիզմների կողմից առաջացած հիվանդությունները, որոնք վնասում են ակվակուլտուրայի արդյունաբերությանը:Բացառությամբ օբյեկտների կառավարումն ուժեղացնելու, այն կարևոր թեմա է եղել սնուցող ջրի և գործիքների պաթոգեն միկրոօրգանիզմի վերացման համար:Օզոնը, քանի որ այն ուժեղ օքսիդանտ է, ախտահանիչ և կատալիզատոր է, լայնորեն օգտագործվել է ոչ միայն արդյունաբերության մեջ, այլև ջրի ախտահանման, ջրի որակի բարելավման և ջրային կուլտուրաների և կարմիր մակընթացության մեջ միասնական միկրոօրգանիզմների առաջացումը կանխելու համար:Պաթոգեն միկրոօրգանիզմը կարելի է կանխել՝ օգտագործելով օզոնային համակարգը՝ ախտահանելու ջրային կուլտուրաների ջուրը և օբյեկտները:
Քանի որ օզոնն ունի ախտահանման, ջրի մաքրման բարձր արդյունավետություն և չի առաջացնում անցանկալի կողմնակի արտադրանք, այն իդեալական ախտահանիչ է ջրային կուլտուրաների համար:Օզոնային համակարգի կիրառման ներդրումը ջրային կուլտուրաների բուծման մեջ մեծ չէ, և այն խնայում է տարբեր ախտահանիչներ, հակաբիոտիկներ, նվազեցնում է փոխանակվող ջուրը, բարձրացնում է բուծման գոյատևման մակարդակը առնվազն երկու անգամ, արտադրում է կանաչ և օրգանական սնունդ:Հետևաբար, այն բավականին տնտեսական է։Ներկայումս օզոնի օգտագործումը ջրային կուլտուրաներում բավականին տարածված է Ճապոնիայում, Ամերիկայում և եվրոպական երկրներում: