Ներկայումս օզոնը սովորաբար օգտագործվում է մաքրված ջրի, աղբյուրի ջրի, հանքային ջրերի և ստորգետնյա ջրերի վերամշակման մեջ:Իսկ CT=1.6 հաճախ կիրառվում է ծորակի ջրի մաքրման համար (C նշանակում է լուծված օզոնի կոնցենտրացիան 0.4մգ/լ, T նշանակում է օզոնի պահպանման ժամանակը 4 րոպե):

Օզոնով մշակված խմելու ջուրը սպանում կամ ապաակտիվացնում է պաթոգեն միկրոօրգանիզմները, ներառյալ վիրուսները, բակտերիաները և մակաբույծները, և հեռացնում է աղտոտվածության պատճառով ջրային համակարգերում հայտնաբերված անօրգանական հետք աղտոտիչները:Օզոնային բուժումը նաև նվազեցնում է բնական օրգանական միացությունները, ինչպիսիք են հումինաթթուն և ջրիմուռների մետաբոլիտները:Մակերևութային ջրերը, ներառյալ լճերը և գետերը, սովորաբար պարունակում են միկրոօրգանիզմների ավելի բարձր մակարդակ:Հետևաբար, դրանք ավելի հակված են աղտոտման, քան ստորերկրյա ջրերը և պահանջում են բուժման տարբեր ռեժիմներ: