Saat ini, ozon umumnya digunakan dalam air murni, mata air, air mineral, dan pengolahan air bawah tanah.Dan CT=1.6 sering diterapkan pada pengolahan air keran (C berarti konsentrasi ozon terlarut 0.4mg/L, T berarti waktu retensi ozon 4 menit).

Air minum yang diolah dengan ozon membunuh atau menonaktifkan mikroorganisme patogen termasuk virus, bakteri, dan parasit serta menghilangkan jejak kontaminan anorganik yang ditemukan dalam sistem air akibat polusi.Pengolahan ozon juga mengurangi senyawa organik alami seperti asam humat dan metabolit alga.Perairan permukaan, termasuk danau dan sungai, umumnya mengandung mikroorganisme dalam jumlah lebih tinggi.Oleh karena itu, air tersebut lebih rentan terhadap kontaminasi dibandingkan air tanah dan memerlukan cara pengolahan yang berbeda.