כיום, האוזון נפוץ במים מטוהרים, מי מעיינות, מים מינרליים ועיבוד מים תת קרקעיים.ו-CT=1.6 מיושם לעתים קרובות לטיפול במי ברז (C פירושו ריכוז אוזון מומס 0.4mg/L, T פירושו זמן שימור אוזון 4 דקות).

מי שתייה שטופלו באוזון הורגים או משביתים מיקרואורגניזמים פתוגניים כולל וירוסים, חיידקים וטפילים ומסירים מזהמים אי-אורגניים שנמצאים במערכות מים עקב זיהום.טיפול באוזון גם מפחית תרכובות אורגניות המופיעות באופן טבעי כגון חומצה הומית ומטבוליטים של אצות.מים עיליים, כולל אגמים ונהרות, מכילים בדרך כלל רמות גבוהות יותר של מיקרואורגניזמים.לכן, הם מועדים יותר לזיהום ממי תהום ודורשים משטרי טיפול שונים.