מערכת אוזון יכולה להימר בשימוש בעצם בכל מיני שפכים.תהליך חמצון שפכים תלוי בסוגי שפכים מתעשיות שונות.
יישום כללי של אוזון: טיפול מקדים בתוך הבית עבור מי רכיבה על אופניים, מים שיוזרמו בעקיפין למתקני מים ציבוריים, או טיפול לאחר מכן עבור מים שיוזרמו ישירות לנהר ולמפרץ.
הסרת תרכובות: חמצון של חומר מזיק או צבעוני, הפחתת פרמטרים מקיפים (COD או DOC).בדרך כלל, התהליך משלב חמצון אוזון ופירוק ביולוגי, כלומר O3- טיפול ביולוגי -O3, כדי להוריד את מינון האוזון ואת עלות הפעולה.
