Аквакультураның дамуымен патогенді микроорганизмдер тудыратын ауру кейде акваөсіру саласына зиянын тигізеді.Нысандарды басқаруды жақсартуды қоспағанда, азықтандыру суы мен аспаптарындағы патогенді микроорганизмдерді жою маңызды мәселе болды.Озон, күшті тотықтырғыш, дезинфекциялаушы және катализатор болғандықтан, тек өнеркәсіпте ғана емес, сонымен қатар суды залалсыздандыруда, судың сапасын жақсартуда және аквакультурада және қызыл толқында патогенді микроорганизмдердің алдын алуда кеңінен қолданылады.Патогендік микроорганизмді акваөсіру суларын және объектілерін дезинфекциялау үшін озон жүйесін қолдану арқылы алдын алуға болады.

Озон дезинфекциялауда, суды тазартуда жоғары тиімділікке ие және қажетсіз жанама өнім тудырмайтындықтан, ол акваөсіру үшін тамаша дезинфекциялық құрал болып табылады.Аквакультурада озон жүйесін қолданудың инвестициясы көп емес, әр түрлі дезинфекциялық құралдарды, антибиотиктерді үнемдейді, алмасатын суды азайтады, тұқымның аман қалуын кем дегенде екі есеге дейін арттырады, жасыл және органикалық азық шығарады.Демек, бұл өте экономикалық.Қазіргі уақытта озонды аквакультурада қолдану Жапонияда, Америкада және Еуропа елдерінде кеңінен таралған.