Vystantis akvakultūrai, retkarčiais pasitaiko patogeninio mikroorganizmo sukeltos ligos, kurios kenkia akvakultūros pramonei.Išskyrus patalpų valdymo gerinimą, svarbu pašalinti patogeninius mikroorganizmus šėrimo vandenyje ir instrumentuose.Ozonas, kaip stiprus oksidatorius, dezinfekantas ir katalizatorius, buvo plačiai naudojamas ne tik pramonėje, bet ir vandens dezinfekcijai, vandens kokybei gerinti, patogeninių mikroorganizmų prevencijai akvakultūroje ir potvyniui.Patogeninio mikroorganizmo galima išvengti naudojant ozono sistemą akvakultūros vandeniui ir patalpoms dezinfekuoti.

Kadangi ozonas labai efektyviai dezinfekuoja, valo vandenį ir nesukelia nepageidaujamų šalutinių produktų, jis yra ideali akvakultūros dezinfekavimo priemonė.Ozono sistemos panaudojimo investicijos į akvakultūros veisimą nėra didelės, o tai taupo įvairias dezinfekavimo priemones, antibiotikus, sumažina vandens mainus, bent du kartus padidina veisimosi išgyvenamumą, gaminamas žalias ir ekologiškas maistas.Vadinasi, tai gana ekonomiška.Šiuo metu ozono naudojimas akvakultūroje yra gana paplitęs Japonijoje, Amerikoje ir Europos šalyse.