Pašlaik ozonu parasti izmanto attīrīta ūdens, avota ūdens, minerālūdens un pazemes ūdens apstrādē.Un krāna ūdens attīrīšanai bieži tiek piemērots CT=1,6 (C nozīmē izšķīdušā ozona koncentrāciju 0,4 mg/L, T nozīmē ozona aiztures laiku 4 minūtes).

Dzeramais ūdens, kas apstrādāts ar ozonu, nogalina vai inaktivē patogēnos mikroorganismus, tostarp vīrusus, baktērijas un parazītus, un noņem neorganiskos piesārņotājus, kas atrodami ūdens sistēmās piesārņojuma dēļ.Ozona apstrāde samazina arī dabā sastopamos organiskos savienojumus, piemēram, humīnskābi un aļģu metabolītus.Virszemes ūdeņos, tostarp ezeros un upēs, parasti ir augstāks mikroorganismu līmenis.Tāpēc tie ir vairāk pakļauti piesārņojumam nekā gruntsūdeņi, un tiem ir nepieciešami dažādi attīrīšanas režīmi.