Со развојот на аквакултурата, повремено се јавуваат болести предизвикани од патогени микроорганизми, што и нанесува штета на индустријата за аквакултура.Освен за подобрување на управувањето со капацитетите, важно е да се елиминира патогениот микроорганизам во водата за исхрана и инструментите.Озонот, бидејќи е силен оксиданс, средство за дезинфекција и катализатор, е широко користен не само во индустријата, туку и во дезинфекција на вода, подобрување на квалитетот на водата и спречување на хогени микроорганизми во аквакултурата и црвената плима.Патогениот микроорганизам може да се спречи со користење на озонски систем за дезинфекција на водата и објектите за аквакултура.

Бидејќи озонот има висока ефикасност при дезинфекција, прочистување на водата и не предизвикува несакани нуспроизводи, тој е идеално средство за дезинфекција за аквакултура.Инвестицијата за користење на озонскиот систем во одгледувањето на аквакултурата не е голема, и заштедува разни средства за дезинфекција, антибиотици, ја намалува размената на вода, ја зголемува стапката на преживување при размножување на најмалку два пати, произведува зелена и органска храна.Оттука, тоа е прилично економично.Во моментов, користењето на озонот во аквакултурата е доста често во Јапонија, Америка и европските земји.