एक्वाकल्चरको विकाससँगै, रोगजनक सूक्ष्मजीवबाट हुने रोग कहिलेकाहीँ देखा पर्दछ, जसले जलीय कृषि उद्योगलाई नोक्सान पुर्‍याउँछ।सुविधाको ब्यवस्थापन बढाउन बाहेक खानेपानी र उपकरणमा रहेका रोगजनक सूक्ष्मजीव हटाउनु महत्वपूर्ण विषय बनेको छ ।ओजोन, यो बलियो अक्सिडेन्ट, कीटाणुनाशक र उत्प्रेरक भएकोले उद्योगमा मात्र नभई पानीको कीटाणुशोधन, पानीको गुणस्तर सुधार र एक्वाकल्चर र रेड टाइडमा प्याट होजेनिक सूक्ष्मजीवलाई रोक्न पनि व्यापक रूपमा प्रयोग गरिएको छ।एक्वाकल्चरको पानी र सुविधाहरूलाई कीटाणुरहित गर्न ओजोन प्रणाली प्रयोग गरेर रोगजनक सूक्ष्मजीवलाई रोक्न सकिन्छ।

ओजोनले कीटाणुशोधन, पानी शुद्धीकरणमा उच्च दक्षता भएको र अवांछित उप-उत्पादनको कारण नगर्ने भएकाले, यो जलीय खेतीका लागि आदर्श कीटाणुनाशक हो।एक्वाकल्चर प्रजननमा ओजोन प्रणाली प्रयोग गर्ने लगानी धेरै छैन, र यसले विभिन्न कीटाणुनाशकहरू, एन्टिबायोटिकहरू बचत गर्छ, आदानप्रदान गरिएको पानी घटाउँछ, प्रजनन बाँच्ने दर कम्तिमा दुई गुणा बढाउँछ, हरियो र जैविक खाद्य उत्पादन गर्दछ।त्यसैले, यो एकदम आर्थिक छ।हाल जापान, अमेरिका र युरोपेली देशहरूमा जलचरमा ओजोनको प्रयोग एकदमै प्रचलित छ।