Momenteel wordt ozon vaak gebruikt in gezuiverd water, bronwater, mineraalwater en ondergrondse waterverwerking.En CT=1,6 wordt vaak toegepast bij de behandeling van leidingwater (C betekent opgeloste ozonconcentratie 0,4 mg/L, T betekent ozonretentietijd 4 minuten).

Drinkwater behandeld met ozon doodt of inactiveert pathogene micro-organismen, waaronder virussen, bacteriën en parasieten, en verwijdert anorganische sporen van verontreinigingen die in watersystemen worden aangetroffen als gevolg van vervuiling.Ozonbehandeling vermindert ook natuurlijk voorkomende organische verbindingen zoals humuszuur en algenmetabolieten.Oppervlaktewateren, inclusief meren en rivieren, bevatten over het algemeen hogere niveaus van micro-organismen.Daarom zijn ze gevoeliger voor verontreiniging dan grondwater en vereisen ze verschillende behandelingsregimes.