For tiden er ozon ofte brukt i renset vann, kildevann, mineralvann og underjordisk vannbehandling.Og CT=1,6 brukes ofte til behandling av tappevann (C betyr konsentrasjon av oppløst ozon 0,4mg/L, T betyr retensjonstid for ozon 4 minutter).

Drikkevann behandlet med ozon dreper eller inaktiverer patogene mikroorganismer inkludert virus, bakterier og parasitter og fjerner uorganiske sporforurensninger som finnes i vannsystemer på grunn av forurensning.Ozonbehandling reduserer også naturlig forekommende organiske forbindelser som humussyre og algemetabolitter.Overflatevann, inkludert innsjøer og elver, inneholder generelt høyere nivåer av mikroorganismer.Derfor er de mer utsatt for forurensning enn grunnvann og krever ulike behandlingsregimer.