Obecnie ozon jest powszechnie stosowany do uzdatniania wody oczyszczonej, źródlanej, mineralnej i podziemnej.Do uzdatniania wody wodociągowej często stosuje się CT=1,6 (C oznacza stężenie rozpuszczonego ozonu 0,4 mg/l, T oznacza czas retencji ozonu 4 minuty).

Woda pitna uzdatniona ozonem zabija lub inaktywuje mikroorganizmy chorobotwórcze, w tym wirusy, bakterie i pasożyty, oraz usuwa nieorganiczne śladowe zanieczyszczenia znajdujące się w systemach wodnych w wyniku zanieczyszczenia.Ozonowanie redukuje również naturalnie występujące związki organiczne, takie jak kwas humusowy i metabolity alg.Wody powierzchniowe, w tym jeziora i rzeki, na ogół zawierają większą ilość mikroorganizmów.Dlatego są bardziej podatne na zanieczyszczenia niż wody gruntowe i wymagają innych systemów oczyszczania.