S rozvojom akvakultúry sa príležitostne vyskytujú choroby spôsobené patogénnymi mikroorganizmami, ktoré poškodzujú odvetvie akvakultúry.Okrem skvalitnenia manažmentu zariadení bolo dôležitým predmetom eliminácie patogénnych mikroorganizmov v napájacej vode a prístrojoch.Ozón, ako silný oxidant, dezinfekčný prostriedok a katalyzátor, sa široko používa nielen v priemysle, ale aj pri dezinfekcii vody, zlepšovaní kvality vody a prevencii patogénnych mikroorganizmov v akvakultúre a červeného prílivu.Patogénnemu mikroorganizmu možno predchádzať použitím ozónového systému na dezinfekciu vody a zariadení akvakultúry.

Keďže ozón má vysokú účinnosť pri dezinfekcii, čistení vody a nespôsobuje nežiaduce vedľajšie produkty, je ideálnym dezinfekčným prostriedkom pre akvakultúru.Investícia do používania ozónového systému v chove akvakultúry nie je vysoká a šetrí rôzne dezinfekčné prostriedky, antibiotiká, znižuje vymieňanú vodu, zvyšuje mieru prežitia chovu minimálne na dvojnásobok, produkuje zelené a bio potraviny.Preto je to celkom ekonomické.V súčasnosti je používanie ozónu v akvakultúre celkom bežné v Japonsku, Amerike a európskych krajinách.