Trenutno se ozon pogosto uporablja v prečiščeni vodi, izvirski vodi, mineralni vodi in obdelavi podzemne vode.In CT=1,6 se pogosto uporablja za obdelavo vode iz pipe (C pomeni koncentracijo raztopljenega ozona 0,4 mg/L, T pomeni zadrževalni čas ozona 4 minute).

Pitna voda, obdelana z ozonom, uniči ali inaktivira patogene mikroorganizme, vključno z virusi, bakterijami in paraziti, ter odstrani anorganske sledi onesnaževalcev, ki jih najdemo v vodnih sistemih zaradi onesnaženja.Obdelava z ozonom prav tako zmanjša količino naravno prisotnih organskih spojin, kot so huminske kisline in metaboliti alg.Površinske vode, vključno z jezeri in rekami, na splošno vsebujejo višje ravni mikroorganizmov.Zato so bolj nagnjeni k onesnaženju kot podtalnica in zahtevajo drugačne režime čiščenja.