Me zhvillimin e akuakulturës, sëmundjet e shkaktuara nga mikroorganizmat patogjen ndodhin herë pas here, të cilat dëmtojnë industrinë e akuakulturës.Përveç përmirësimit të menaxhimit të objekteve, ka qenë një subjekt i rëndësishëm eliminimi i mikroorganizmave patogjenë në ujin dhe instrumentet e ushqimit.Ozoni, pasi është oksidues, dezinfektues dhe katalizator i fortë, është përdorur gjerësisht jo vetëm në industri, por edhe në dezinfektimin e ujit, përmirësimin e cilësisë së ujit dhe parandalimin e mikroorganizmave hogjenikë në akuakulturë dhe baticën e kuqe.Mikroorganizmi patogjen mund të parandalohet duke përdorur sistemin e ozonit për të dezinfektuar ujin dhe objektet e akuakulturës.

Duke qenë se ozoni ka efikasitet të lartë në dezinfektim, pastrim të ujit dhe nuk shkakton nënprodukt të padëshiruar, ai është dezinfektuesi ideal për akuakulturën.Investimi i përdorimit të sistemit të ozonit në mbarështimin e akuakulturës nuk është i lartë dhe kursen dezinfektues të ndryshëm, antibiotikë, pakëson ujin e shkëmbyer, rrit shkallën e mbijetesës së mbarështimit në të paktën dyfish, prodhon ushqim të gjelbër dhe organik.Prandaj, është mjaft ekonomike.Aktualisht, përdorimi i ozonit në akuakulturë është mjaft i përhapur në Japoni, Amerikë dhe vendet evropiane.