Развојем аквакултуре повремено се јављају болести узроковане патогеним микроорганизмом, које наносе штету индустрији аквакултуре.Осим побољшања управљања објектима, важан је предмет елиминације патогених микроорганизама у храни за воду и инструментима.Озон, као јак оксидант, дезинфекционо средство и катализатор, широко се користи не само у индустрији, већ иу дезинфекцији воде, побољшању квалитета воде и спречавању патогених микроорганизама у аквакултури и црвеној плими.Патогени микроорганизам се може спречити коришћењем озонског система за дезинфекцију воде и објеката аквакултуре.

Како озон има високу ефикасност у дезинфекцији, пречишћавању воде и не изазива нежељене нуспроизводе, он је идеално дезинфекционо средство за аквакултуру.Улагање у коришћење озонског система у узгоју аквакултуре није велико, а штеди разна дезинфекциона средства, антибиотике, смањује измењену воду, повећава стопу преживљавања приплода на најмање два пута, производи зелену и органску храну.Дакле, прилично је економично.Тренутно је коришћење озона у аквакултури прилично уобичајено у Јапану, Америци и европским земљама.