Pamoja na maendeleo ya ufugaji wa samaki, ugonjwa unaosababishwa na microorganism ya pathogenic hutokea mara kwa mara, ambayo hudhuru kwa sekta ya ufugaji wa samaki.Isipokuwa kwa ajili ya kuimarisha usimamizi wa vifaa, imekuwa somo muhimu kuondokana na microorganism ya pathogenic katika maji ya kulisha na vyombo.Ozoni, kwa kuwa ni kioksidishaji kikali, dawa ya kuua viini na kichocheo imekuwa ikitumika sana si tu katika tasnia, bali pia katika kuua viini vya maji, uboreshaji wa ubora wa maji na kuzuia vijidudu vya pat hogenic katika ufugaji wa samaki na wimbi jekundu.Microorganism ya pathogenic inaweza kuzuiwa kwa kutumia mfumo wa ozoni ili kuzuia maji na vifaa vya ufugaji wa samaki.

Kwa kuwa ozoni ina ufanisi wa juu katika kutoua viini, utakaso wa maji na haisababishi bidhaa isiyohitajika, ndiyo dawa bora ya kuua vijidudu kwa ufugaji wa samaki.Uwekezaji wa kutumia mfumo wa ozoni katika ufugaji wa samaki sio juu, na huokoa dawa mbalimbali za kuua vijidudu, antibiotics, hupunguza maji ya kubadilishana, huongeza kiwango cha kuzaliana kwa angalau mara mbili, hutoa chakula cha kijani na kikaboni.Kwa hivyo, ni ya kiuchumi kabisa.Kwa sasa, kutumia ozoni katika ufugaji wa samaki ni jambo la kawaida sana nchini Japani, Amerika na nchi za Ulaya.