ด้วยการพัฒนาของการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ โรคที่เกิดจากจุลินทรีย์ก่อโรคเกิดขึ้นเป็นครั้งคราว ซึ่งเป็นอันตรายต่ออุตสาหกรรมการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำยกเว้นการเพิ่มประสิทธิภาพการจัดการสิ่งอำนวยความสะดวก การกำจัดจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรคในน้ำป้อนและอุปกรณ์ถือเป็นเรื่องสำคัญโอโซนเนื่องจากเป็นสารออกซิแดนท์ที่แรง สารฆ่าเชื้อและตัวเร่งปฏิกิริยามีการใช้กันอย่างแพร่หลายไม่เพียงแต่ในอุตสาหกรรมเท่านั้น แต่ยังใช้ในการฆ่าเชื้อโรคในน้ำ การปรับปรุงคุณภาพน้ำ และป้องกันจุลินทรีย์ที่เป็นพาหะเจนิกในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำและน้ำสีแดงจุลินทรีย์ก่อโรคสามารถป้องกันได้โดยใช้ระบบโอโซนในการฆ่าเชื้อในน้ำและสิ่งอำนวยความสะดวกในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ

เนื่องจากโอโซนมีประสิทธิภาพสูงในการฆ่าเชื้อโรค การทำน้ำให้บริสุทธิ์ และไม่ก่อให้เกิดผลพลอยได้ที่ไม่พึงประสงค์ โอโซนจึงเป็นสารฆ่าเชื้อในอุดมคติสำหรับการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำการลงทุนใช้ระบบโอโซนในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำไม่สูงนัก และประหยัด ยาฆ่าเชื้อ ยาปฏิชีวนะต่างๆ ลดการแลกเปลี่ยนน้ำ เพิ่มอัตราการรอดชีวิตในการผสมพันธุ์อย่างน้อยสองเท่า ทำให้เกิดอาหารสีเขียว & ออร์แกนิกดังนั้นจึงค่อนข้างประหยัดปัจจุบันการใช้โอโซนในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำค่อนข้างแพร่หลายในญี่ปุ่น อเมริกา และประเทศในยุโรป