Hiện nay, ozone thường được sử dụng trong nước tinh khiết, nước suối, nước khoáng và xử lý nước ngầm.Và CT=1,6 thường được áp dụng để xử lý nước máy (C nghĩa là nồng độ ozone hòa tan 0,4mg/L, T nghĩa là thời gian lưu ozone 4 phút).

Nước uống được xử lý bằng ozone sẽ giết chết hoặc làm bất hoạt các vi sinh vật gây bệnh bao gồm virus, vi khuẩn và ký sinh trùng, đồng thời loại bỏ các chất gây ô nhiễm vi lượng vô cơ có trong hệ thống nước do ô nhiễm.Xử lý bằng ozone cũng làm giảm các hợp chất hữu cơ tự nhiên như axit humic và các chất chuyển hóa của tảo.Nước bề mặt, bao gồm cả hồ và sông, thường chứa hàm lượng vi sinh vật cao hơn.Vì vậy, chúng dễ bị ô nhiễm hơn nước ngầm và đòi hỏi các chế độ xử lý khác nhau.